Hoàn thuế GTGT là việc ngân sách nhà nước trả lại cho người nộp thuế số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết hoặc số thuế đã nộp thừa, trong các trường hợp luật quy định. Căn cứ hiện hành là Điều 15 Luật Thuế GTGT 48/2024/QH15, đã sửa đổi bởi Luật 149/2025/QH15 từ 01/01/2026, hướng dẫn tại Nghị định 181/2025/NĐ-CP; hồ sơ, thủ tục thực hiện theo Thông tư 89/2026/TT-BTC từ 01/07/2026.
Với doanh nghiệp xuất khẩu, doanh nghiệp đang đầu tư dự án hay doanh nghiệp sản xuất hàng hóa thuế suất 5%, số thuế GTGT đầu vào chờ khấu trừ có thể lên tới hàng tỷ đồng, ảnh hưởng trực tiếp tới dòng tiền. Hoàn thuế đúng hạn giúp doanh nghiệp thu hồi vốn lưu động; ngược lại, hồ sơ thiếu chứng từ hoặc hiểu sai điều kiện có thể khiến tiền thuế bị “treo” nhiều kỳ, thậm chí bị thu hồi sau kiểm tra.
Trong bài viết này, Lạc Việt sẽ giúp bạn nắm toàn bộ quy định hoàn thuế GTGT năm 2026: các trường hợp được hoàn, điều kiện và điểm mới, hồ sơ, thủ tục theo Thông tư 89/2026/TT-BTC, cách tính kèm ví dụ minh họa và cách hạch toán khi nhận tiền hoàn.
1. Hoàn thuế GTGT là gì? Khi nào được hoàn?
1.1. Hoàn thuế GTGT là gì?
Hoàn thuế GTGT là cơ chế để Nhà nước trả lại cho cơ sở kinh doanh phần thuế giá trị gia tăng mà doanh nghiệp đã trả khi mua hàng hóa, dịch vụ nhưng chưa thể khấu trừ hết vào số thuế đầu ra phải nộp, hoặc phần thuế đã nộp vượt quá nghĩa vụ. Về bản chất, thuế GTGT là thuế gián thu do người tiêu dùng cuối cùng chịu, nên khi doanh nghiệp phải “ứng trước” thuế đầu vào mà không có thuế đầu ra tương ứng, pháp luật cho phép hoàn trả trong những trường hợp xác định.
Cần phân biệt hai loại hoàn thường bị nhầm với nhau.
- Loại thứ nhất là hoàn thuế GTGT theo pháp luật về thuế GTGT, áp dụng cho số thuế đầu vào chưa được khấu trừ hết trong các trường hợp như xuất khẩu, dự án đầu tư, sản xuất hàng 5%.
- Loại thứ hai là hoàn trả tiền thuế nộp thừa theo pháp luật về quản lý thuế, khi doanh nghiệp đã nộp số tiền lớn hơn số thuế phải nộp. Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định riêng hai nhóm thủ tục này: hồ sơ hoàn thuế GTGT tại Điều 46, hồ sơ hoàn trả tiền nộp thừa tại Điều 56.
1.2. Vậy khi nào được hoàn thuế GTGT?
Câu trả lời ngắn gọn là khi doanh nghiệp thuộc một trong các trường hợp liệt kê tại Điều 15 Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15 và đáp ứng điều kiện tại khoản 9 Điều này. Không phải mọi trường hợp có số thuế đầu vào lớn hơn đầu ra đều được hoàn; với doanh nghiệp chỉ bán hàng trong nước thuế suất 10% chẳng hạn, số thuế chưa khấu trừ hết thường được chuyển sang kỳ sau để tiếp tục khấu trừ.
Hệ thống văn bản đang áp dụng cho hoạt động hoàn thuế GTGT năm 2026 gồm:
- Luật Thuế GTGT 48/2024/QH15 (hiệu lực 01/07/2025) và Luật 149/2025/QH15 sửa đổi (hiệu lực 01/01/2026).
- Nghị định 181/2025/NĐ-CP hướng dẫn Luật Thuế GTGT, Điều 29 đến Điều 37 về hoàn thuế, cùng các nghị định sửa đổi như Nghị định 359/2025/NĐ-CP.
- Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15 (hiệu lực 01/07/2026) và Nghị định 252/2026/NĐ-CP.
- Thông tư 89/2026/TT-BTC (hiệu lực 01/07/2026) quy định hồ sơ, tiếp nhận, phân loại, giải quyết hồ sơ hoàn thuế, thay thế Thông tư 80/2021/TT-BTC.
Nắm đúng hệ thống văn bản giúp doanh nghiệp tránh dùng nhầm mẫu biểu, căn cứ cũ. Phần tiếp theo đi vào chi tiết từng trường hợp được hoàn thuế. Trong thực tế, nhiều doanh nghiệp chỉ nhận ra mình thuộc diện được hoàn khi số thuế đầu vào tồn đọng đã kéo dài nhiều kỳ. Vì vậy, kế toán nên rà soát định kỳ số thuế chưa khấu trừ hết theo từng nhóm hoạt động như xuất khẩu, dự án đầu tư hay hàng thuế suất 5%, đối chiếu với ngưỡng 300 triệu đồng và điều kiện thời gian của từng trường hợp, để chủ động xác định thời điểm đủ điều kiện nộp hồ sơ hoàn thay vì để vốn lưu động bị đọng lại trong tài khoản thuế chờ khấu trừ.
2. Các trường hợp được hoàn thuế giá trị gia tăng
Các trường hợp được hoàn thuế giá trị gia tăng được quy định từ khoản 1 đến khoản 8 Điều 15 Luật Thuế GTGT. Phần này gồm bốn nội dung: hoàn thuế đối với xuất khẩu, hoàn thuế đối với dự án đầu tư, hoàn thuế cho cơ sở chỉ sản xuất hàng hóa, dịch vụ thuế suất 5%, và nhóm các trường hợp khác như giải thể, phá sản, ODA, ngoại giao. Ba trường hợp đầu là những trường hợp doanh nghiệp thường gặp nhất trong thực tế.
2.1. Hoàn thuế đối với xuất khẩu
Theo khoản 1 Điều 15 Luật Thuế GTGT, cơ sở kinh doanh trong tháng, quý có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu nếu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế theo tháng, quý, trừ trường hợp hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu sang nước khác. Đây là trường hợp hoàn thuế phổ biến nhất, vì hàng xuất khẩu chịu thuế suất 0% nên doanh nghiệp xuất khẩu thường xuyên có số thuế đầu vào lớn hơn đầu ra.
Điều 29 Nghị định 181/2025/NĐ-CP hướng dẫn chi tiết đối tượng được hoàn trong một số trường hợp: với ủy thác xuất khẩu là cơ sở kinh doanh có hàng hóa ủy thác xuất khẩu; với gia công chuyển tiếp là cơ sở ký hợp đồng gia công xuất khẩu với bên nước ngoài; với hàng hóa xuất khẩu để thực hiện công trình xây dựng ở nước ngoài là cơ sở có hàng hóa xuất khẩu thực hiện công trình. Nghị định cũng làm rõ hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu không bao gồm nguyên liệu nhập khẩu để sản xuất, gia công hàng xuất khẩu.
Với doanh nghiệp vừa xuất khẩu vừa bán trong nước, phải hạch toán riêng thuế đầu vào dùng cho xuất khẩu; nếu không hạch toán riêng được thì xác định theo tỷ lệ doanh thu xuất khẩu trên tổng doanh thu hàng hóa, dịch vụ chịu thuế của kỳ hoàn thuế. Số thuế này sau khi bù trừ với số thuế phải nộp của hàng tiêu thụ nội địa, nếu còn lại từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn.
Một giới hạn quan trọng cần nhớ: số thuế được hoàn của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu không vượt quá 10% doanh thu xuất khẩu của kỳ hoàn thuế. Phần vượt quá được khấu trừ vào kỳ tiếp theo để xác định số được hoàn kỳ sau. Điều kiện để hàng xuất khẩu được áp dụng thuế suất 0%, tiền đề của việc hoàn thuế, được Lạc Việt phân tích trong bài viết riêng về thuế GTGT hàng xuất khẩu.
Lưu ý, hoàn thuế xuất khẩu khác với các trường hợp hoàn thuế liên quan đến hàng nhập khẩu theo pháp luật hải quan. Doanh nghiệp quan tâm có thể tham khảo bài viết các trường hợp hoàn thuế GTGT hàng nhập khẩu của Lạc Việt.
2.2. Hoàn thuế đối với dự án đầu tư
Khoản 2 Điều 15 Luật Thuế GTGT quy định cơ sở kinh doanh đã đăng ký nộp thuế theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới, dự án đầu tư mở rộng theo quy định của pháp luật về đầu tư, đang trong giai đoạn đầu tư, có số thuế GTGT đầu vào phát sinh trong giai đoạn đầu tư mà chưa được hoàn thì thực hiện bù trừ với số thuế phải nộp của hoạt động sản xuất, kinh doanh đang thực hiện (nếu có). Sau khi bù trừ, nếu số thuế đầu vào của dự án chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế.
Quy định áp dụng cả với dự án chia thành nhiều giai đoạn, nhiều hạng mục đầu tư, trừ trường hợp dự án đầu tư không hình thành tài sản cố định của doanh nghiệp, và dự án tìm kiếm thăm dò, phát triển mỏ dầu khí đang trong giai đoạn đầu tư. Trường hợp dự án hoặc giai đoạn, hạng mục đã hoàn thành nhưng chưa hoàn thuế, doanh nghiệp phải nộp hồ sơ hoàn trong thời hạn 01 năm kể từ ngày dự án, giai đoạn hoặc hạng mục hoàn thành. Ngày hoàn thành là ngày phát sinh doanh thu, không gồm doanh thu chạy thử, doanh thu tài chính, thanh lý nguyên vật liệu của dự án.
Điểm b khoản 2 Điều 15 nêu các trường hợp không được hoàn mà chỉ được kết chuyển số thuế chưa khấu trừ sang kỳ tiếp theo. Thứ nhất, dự án của cơ sở kinh doanh không góp đủ vốn điều lệ như đã đăng ký tại thời điểm nộp hồ sơ hoàn; kinh doanh ngành, nghề có điều kiện khi chưa đủ điều kiện kinh doanh hoặc không duy trì đủ điều kiện trong quá trình hoạt động, trừ một số ngoại lệ. Thứ hai, dự án đầu tư khai thác tài nguyên, khoáng sản và dự án sản xuất sản phẩm là tài nguyên, khoáng sản đã chế biến theo khoản 23 Điều 5.
Về nơi khai thuế, điểm b.4 khoản 2 Điều 19 Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định người nộp thuế có dự án đầu tư thuộc trường hợp hoàn thuế và có nhu cầu hoàn thì khai thuế GTGT đối với dự án tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp, với một số quy định riêng khi dự án ở tỉnh khác hoặc do Ban quản lý dự án, chi nhánh thực hiện. Doanh nghiệp nên xác định nơi khai từ đầu để tránh phải điều chỉnh hồ sơ.
Trên thực tế, hồ sơ hoàn thuế dự án đầu tư thường phức tạp hơn hoàn thuế xuất khẩu vì cần nhiều giấy tờ pháp lý của dự án, nội dung sẽ được trình bày ở phần 4.
2.3. Hoàn thuế cho cơ sở chỉ sản xuất hàng hóa, dịch vụ thuế suất 5%
Đây là trường hợp hoàn thuế được Luật Thuế GTGT 2024 quy định tại khoản 3 Điều 15. Cơ sở kinh doanh chỉ sản xuất hàng hóa, cung cấp dịch vụ chịu thuế suất 5% nếu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên sau 12 tháng liên tục hoặc 04 quý liên tục thì được hoàn thuế. Trường hợp cơ sở sản xuất hàng hóa, cung cấp dịch vụ chịu nhiều mức thuế suất thì được hoàn thuế theo tỷ lệ phân bổ do Chính phủ quy định.
Điều 31 Nghị định 181/2025/NĐ-CP hướng dẫn tỷ lệ phân bổ này. Cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng số thuế đầu vào dùng cho sản xuất hàng hóa, cung cấp dịch vụ chịu thuế suất 5%. Với số thuế đầu vào dùng chung cho hàng 5% và hàng có mức thuế suất khác, nếu không hạch toán riêng được thì xác định theo tỷ lệ giữa doanh thu hàng 5% trên tổng doanh thu hàng hóa, dịch vụ chịu thuế của kỳ hoàn thuế. Số thuế xác định được, sau khi bù trừ với số thuế phải nộp, nếu còn lại từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn.
Trường hợp này có ý nghĩa lớn với các ngành có đầu vào chịu thuế 10% nhưng đầu ra chỉ chịu 5%, như phân bón, thuốc bảo vệ thực vật, nước sạch, thiết bị y tế, thuốc chữa bệnh, một số sản phẩm nông nghiệp ở khâu thương mại. Trước đây, phần chênh lệch giữa thuế đầu vào và đầu ra của các doanh nghiệp này thường tồn đọng kéo dài. Ví dụ cụ thể với ngành phân bón được Lạc Việt phân tích trong bài viết về phân bón và thuế GTGT.
Điểm khác biệt của trường hợp này so với hoàn thuế xuất khẩu là điều kiện thời gian: số thuế phải chưa khấu trừ hết liên tục 12 tháng hoặc 04 quý, không phải trong từng tháng, quý riêng lẻ. Doanh nghiệp cần theo dõi số dư thuế đầu vào của hàng 5% qua từng kỳ để xác định đúng thời điểm đủ điều kiện nộp hồ sơ. Ngoài ra, cụm từ “chỉ sản xuất hàng hóa, cung cấp dịch vụ chịu thuế suất 5%” cần được đối chiếu kỹ khi doanh nghiệp có thêm hoạt động thương mại tại Điều 31 Nghị định 181/2025/NĐ-CP và văn bản sửa đổi.
2.4. Các trường hợp hoàn thuế khác
Ngoài ba trường hợp phổ biến trên, Điều 15 Luật Thuế GTGT còn quy định một nhóm trường hợp hoàn thuế mang tính đặc thù. Dù ít gặp hơn, các trường hợp này vẫn có ý nghĩa quan trọng với từng nhóm đối tượng cụ thể, đặc biệt khi doanh nghiệp tái cấu trúc, giải thể hoặc tham gia các dự án sử dụng vốn viện trợ.
| Trường hợp | Nội dung chính | Căn cứ |
|---|---|---|
| Giải thể, phá sản | Cơ sở kinh doanh nộp thuế theo phương pháp khấu trừ có số thuế nộp thừa hoặc thuế đầu vào chưa khấu trừ hết | Khoản 4 Điều 15 |
| Người nước ngoài xuất cảnh | Hoàn thuế đối với hàng hóa mua tại Việt Nam mang theo khi xuất cảnh | Khoản 5 Điều 15 |
| ODA không hoàn lại, viện trợ | Hoàn số thuế đã trả cho hàng hóa, dịch vụ mua tại Việt Nam phục vụ chương trình, dự án | Khoản 6 Điều 15 |
| Miễn trừ ngoại giao | Hoàn số thuế đã trả ghi trên hóa đơn GTGT hoặc chứng từ thanh toán | Khoản 7 Điều 15 |
| Quyết định cơ quan có thẩm quyền, điều ước quốc tế | Hoàn theo quyết định hoặc theo điều ước mà Việt Nam là thành viên | Khoản 8 Điều 15 |
- Với trường hợp giải thể, phá sản, khoản 4 Điều 15 còn quy định trường hợp tổ hợp tác nộp thuế theo phương pháp khấu trừ chuyển đổi thành hợp tác xã thì hợp tác xã được kế thừa số thuế nộp thừa hoặc số thuế đầu vào chưa khấu trừ hết của tổ hợp tác để khấu trừ, hoàn thuế theo quy định. Đây là điểm cần lưu ý khi chuyển đổi mô hình tổ chức.
- Với dự án ODA không hoàn lại, điểm d khoản 1 Điều 46 Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định hồ sơ riêng, gồm văn bản đề nghị hoàn trả mẫu số 01/HT, bảng kê hóa đơn, chứng từ hàng hóa, dịch vụ mua vào mẫu số 01-1/HT và các văn bản xác nhận của cơ quan chủ quản. Các trường hợp người nước ngoài xuất cảnh và miễn trừ ngoại giao có thủ tục riêng do Chính phủ, Bộ Tài chính quy định.
- Với trường hợp người nước ngoài, người Việt Nam định cư ở nước ngoài mang hàng hóa mua tại Việt Nam khi xuất cảnh, khoản 5 Điều 15 giao Chính phủ quy định hồ sơ, thủ tục, số thuế được hoàn, phương thức hoàn, nên doanh nghiệp bán lẻ tham gia chương trình này cần tuân thủ quy định riêng về đăng ký và hóa đơn. Với trường hợp miễn trừ ngoại giao, số thuế được hoàn là số thuế ghi trên hóa đơn giá trị gia tăng hoặc trên chứng từ thanh toán ghi giá đã có thuế, theo khoản 7 Điều 15 Luật Thuế GTGT. Nhìn chung, dù thuộc trường hợp nào, doanh nghiệp vẫn phải đáp ứng điều kiện chung về hoàn thuế, nội dung sẽ được trình bày ở phần tiếp theo.
3. Điều kiện hoàn thuế GTGT và điểm mới từ 2026
Điều kiện hoàn thuế GTGT được quy định tại khoản 9 Điều 15 Luật Thuế GTGT và hướng dẫn tại Điều 37 Nghị định 181/2025/NĐ-CP. Thuộc trường hợp được hoàn mới chỉ là điều kiện cần; doanh nghiệp còn phải đáp ứng các điều kiện về phương pháp tính thuế, sổ sách, tài khoản ngân hàng và điều kiện khấu trừ thì hồ sơ mới được chấp nhận.
Theo khoản 9 Điều 15, cơ sở kinh doanh thuộc trường hợp được hoàn thuế tại các khoản 1, 2, 3 và 4 Điều 15 phải là cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, lập lưu giữ sổ kế toán, chứng từ kế toán theo quy định của pháp luật về kế toán, có tài khoản tiền gửi tại ngân hàng theo mã số thuế của cơ sở kinh doanh. Đồng thời, cơ sở phải đáp ứng quy định về khấu trừ thuế đầu vào tại khoản 2 Điều 14 và không thuộc trường hợp không được khấu trừ tại khoản 3 Điều 14 của Luật.
Điều kiện khấu trừ tại khoản 2 Điều 14 gồm có hóa đơn giá trị gia tăng mua hàng hóa, dịch vụ hoặc chứng từ nộp thuế ở khâu nhập khẩu; có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào, trừ một số trường hợp đặc thù; và với hàng xuất khẩu còn phải có hợp đồng, tờ khai hải quan, chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt. Đây chính là những chứng từ mà cơ quan thuế kiểm tra kỹ nhất khi xem xét hồ sơ hoàn.
Điểm mới quan trọng nhất năm 2026 đến từ Luật 149/2025/QH15. Luật này bãi bỏ điểm c khoản 9 Điều 15 Luật Thuế GTGT 2024, tức là bỏ điều kiện “người bán đã kê khai, nộp thuế giá trị gia tăng theo quy định đối với hóa đơn đã xuất cho cơ sở kinh doanh đề nghị hoàn thuế”. Quy định cũ từng khiến nhiều doanh nghiệp lo ngại vì phải chịu rủi ro từ việc kê khai, nộp thuế của nhà cung cấp, điều nằm ngoài khả năng kiểm soát của người mua.
Bên cạnh các điều kiện được hoàn, doanh nghiệp cần nắm các trường hợp không được hoàn thường gặp:
- Hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu sang nước khác (khoản 1 Điều 15).
- Dự án đầu tư không góp đủ vốn điều lệ đã đăng ký; kinh doanh ngành nghề có điều kiện khi chưa đủ hoặc không duy trì đủ điều kiện (điểm b khoản 2 Điều 15).
- Dự án khai thác tài nguyên, khoáng sản và dự án sản xuất sản phẩm là tài nguyên, khoáng sản đã chế biến theo khoản 23 Điều 5.
- Số thuế đầu vào không đáp ứng điều kiện khấu trừ tại khoản 2 Điều 14 hoặc hóa đơn, chứng từ lập từ hành vi bị nghiêm cấm.
- Số thuế chưa khấu trừ hết thấp hơn ngưỡng 300 triệu đồng.
Các trường hợp chi tiết hơn tại Điều 37 Nghị định 181/2025/NĐ-CP và văn bản sửa đổi cần được đối chiếu nguyên văn khi doanh nghiệp có giao dịch đặc thù tại Điều 37 Nghị định 181/2025/NĐ-CP và Nghị định 359/2025/NĐ-CP).
4. Hồ sơ, thủ tục hoàn thuế GTGT theo Thông tư 89/2026
Từ ngày 01/07/2026, hồ sơ, thủ tục hoàn thuế GTGT thực hiện theo Thông tư 89/2026/TT-BTC, ban hành ngày 30/06/2026, thay thế Thông tư 80/2021/TT-BTC. Phần này gồm hai nội dung: hồ sơ đề nghị hoàn thuế theo từng trường hợp tại Điều 46, và trình tự tiếp nhận, phân loại, giải quyết hồ sơ theo các Điều 47 đến Điều 52 của Thông tư.
4.1. Hồ sơ đề nghị hoàn thuế theo từng trường hợp
Điều 46 Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định hồ sơ hoàn thuế GTGT khác nhau theo từng trường hợp hoàn. Điểm chung đáng chú ý là với các trường hợp phổ biến như xuất khẩu và hàng 5%, hồ sơ đã được tinh gọn: doanh nghiệp kê khai chỉ tiêu đề nghị hoàn ngay trên tờ khai thuế GTGT và nộp kèm phụ lục đề nghị hoàn thuế, thay vì nhiều loại giấy đề nghị riêng như trước.
| Trường hợp | Thành phần hồ sơ chính | Căn cứ |
|---|---|---|
| Xuất khẩu | Tờ khai 01/GTGT có kê khai chỉ tiêu đề nghị hoàn; phụ lục 01-8/GTGT | Điểm a khoản 1 Điều 46 |
| Dự án đầu tư | Tờ khai 02/GTGT có kê khai chỉ tiêu đề nghị hoàn; phụ lục 01-8/GTGT; bản sao giấy tờ pháp lý dự án theo điểm b.3 đến b.7 | Điểm b khoản 1 Điều 46 |
| Hàng hóa, dịch vụ thuế suất 5% | Tờ khai 01/GTGT có kê khai chỉ tiêu đề nghị hoàn; phụ lục 01-8/GTGT | Điểm c khoản 1 Điều 46 |
| ODA không hoàn lại | Văn bản đề nghị 01/HT; hồ sơ theo Nghị định 242/2025/NĐ-CP; xác nhận của cơ quan chủ quản; bảng kê 01-1/HT | Điểm d khoản 1 Điều 46 |
Với dự án đầu tư, bộ giấy tờ pháp lý gồm bản sao giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc quyết định chấp thuận chủ trương đầu tư; với dự án có công trình xây dựng thì có thêm bản sao giấy tờ về đất và giấy phép xây dựng (nếu thuộc diện phải cấp); bản sao chứng từ góp vốn điều lệ; giấy phép kinh doanh ngành nghề có điều kiện (nếu có); và các quyết định giao quản lý dự án cho Ban quản lý, chi nhánh. Điểm b.8 khoản 1 Điều 46 quy định các giấy tờ này chỉ phải nộp với hồ sơ đề nghị hoàn lần đầu hoặc khi có thay đổi, bổ sung.
Dù hồ sơ nộp cho cơ quan thuế đã được tinh gọn, doanh nghiệp vẫn phải lưu đầy đủ hóa đơn, chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, hợp đồng, tờ khai hải quan tại đơn vị. Đây là tài liệu cơ quan thuế sẽ yêu cầu khi hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế hoặc khi kiểm tra sau hoàn thuế theo Điều 53 Thông tư 89/2026/TT-BTC.
Một lưu ý thực tế: số liệu trên phụ lục 01-8/GTGT phải khớp với số liệu tờ khai và sổ kế toán. Chênh lệch nhỏ cũng có thể khiến hồ sơ bị yêu cầu giải trình, bổ sung, kéo dài thời gian giải quyết. Vì vậy, kế toán nên đối chiếu số dư tài khoản 133, số thuế chưa khấu trừ hết trên tờ khai các kỳ và bảng kê hóa đơn trước khi nộp hồ sơ.
4.2. Trình tự, phân loại hồ sơ và thời hạn giải quyết
Sau khi doanh nghiệp nộp hồ sơ, quy trình xử lý của cơ quan thuế được quy định tại các Điều 47 đến Điều 52 Thông tư 89/2026/TT-BTC, lần lượt về tiếp nhận hồ sơ, phân loại hồ sơ, giải quyết hồ sơ, quyết định hoàn thuế, ban hành lệnh hoàn trả và trả kết quả. Hình thức nộp hồ sơ chủ yếu là giao dịch điện tử qua cổng thông tin của cơ quan thuế, bên cạnh hình thức nộp trực tiếp hoặc qua bưu chính theo quy định.
Điểm then chốt của quy trình là bước phân loại hồ sơ. Theo khoản 10 Điều 15 Luật Thuế GTGT, cơ quan thuế phân loại hồ sơ hoàn thuế GTGT thuộc diện hoàn thuế trước hoặc kiểm tra trước hoàn thuế và giải quyết theo quy định của pháp luật về quản lý thuế. Hồ sơ hoàn trước được giải quyết nhanh dựa trên hồ sơ doanh nghiệp tự khai, sau đó có thể bị kiểm tra sau hoàn. Hồ sơ kiểm tra trước hoàn sẽ được cơ quan thuế kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp hoặc đối chiếu chứng từ trước khi ra quyết định.
Về thời hạn, theo tổng hợp của Thư viện Pháp luật về thủ tục hoàn thuế từ 01/07/2026, hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước được giải quyết chậm nhất trong 06 ngày làm việc, hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế được giải quyết chậm nhất trong 10 ngày làm việc (cần tra cứu nguồn: thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế tại Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15 và Nghị định 252/2026/NĐ-CP để xác định mốc tính thời hạn chính xác).
Quy trình hoàn thuế GTGT có thể tóm tắt theo các bước sau:
- Xác định trường hợp hoàn, kiểm tra điều kiện theo Điều 15 Luật Thuế GTGT.
- Kê khai chỉ tiêu đề nghị hoàn trên tờ khai thuế GTGT, lập phụ lục 01-8/GTGT và giấy tờ kèm theo nếu có.
- Nộp hồ sơ cho cơ quan thuế có thẩm quyền, chủ yếu bằng phương thức điện tử.
- Cơ quan thuế tiếp nhận, phân loại hoàn trước hoặc kiểm tra trước.
- Cơ quan thuế ban hành quyết định hoàn thuế và lệnh hoàn trả; doanh nghiệp nhận tiền vào tài khoản đã đăng ký.
- Doanh nghiệp lưu hồ sơ, sẵn sàng cho kiểm tra sau hoàn thuế.
Nếu kiểm tra sau hoàn phát hiện số thuế đã hoàn không đúng, cơ quan thuế ra quyết định thu hồi theo Điều 54 Thông tư 89/2026/TT-BTC, kèm tiền chậm nộp và xử phạt nếu có. Đây là lý do doanh nghiệp không nên chỉ chú trọng tốc độ được hoàn, mà cần đảm bảo tính chính xác của toàn bộ chứng từ ngay từ đầu.
5. Cách tính và hạch toán hoàn thuế GTGT
Nguyên tắc tính số thuế được hoàn với hoạt động xuất khẩu gồm bốn bước theo khoản 1 Điều 15 Luật Thuế GTGT và Điều 29 Nghị định 181/2025/NĐ-CP.
- Bước một, xác định số thuế đầu vào của hàng xuất khẩu, bằng hạch toán riêng hoặc phân bổ theo tỷ lệ doanh thu xuất khẩu trên tổng doanh thu chịu thuế.
- Bước hai, bù trừ với số thuế phải nộp của hàng tiêu thụ nội địa.
- Bước ba, so sánh phần còn lại với ngưỡng 300 triệu đồng.
- Bước bốn, áp trần không vượt quá 10% doanh thu xuất khẩu của kỳ hoàn thuế.
Ví dụ minh họa (số liệu giả định): trong quý III/2026, doanh nghiệp D có doanh thu xuất khẩu 6 tỷ đồng và doanh thu nội địa chịu thuế 10% là 2 tỷ đồng. Thuế đầu vào không hạch toán riêng được là 800 triệu đồng; thuế đầu ra nội địa là 200 triệu đồng. Tỷ lệ doanh thu xuất khẩu trên tổng doanh thu chịu thuế là 6 tỷ chia 8 tỷ, bằng 75%.
| Bước | Cách tính | Kết quả |
|---|---|---|
| Thuế đầu vào của hàng xuất khẩu | 800 triệu × 75% | 600 triệu đồng |
| Thuế đầu vào của hàng nội địa | 800 triệu × 25% | 200 triệu đồng |
| Thuế phải nộp của hàng nội địa trước bù trừ | 200 triệu − 200 triệu | 0 đồng |
| Số thuế xuất khẩu còn lại sau bù trừ | 600 triệu − 0 | 600 triệu đồng (≥ 300 triệu) |
| Trần 10% doanh thu xuất khẩu | 6 tỷ × 10% | 600 triệu đồng |
| Số thuế đề nghị hoàn | Không vượt trần | 600 triệu đồng |
Trong ví dụ trên, số thuế đề nghị hoàn vừa đúng bằng mức trần. Nếu thuế đầu vào của hàng xuất khẩu lớn hơn, chẳng hạn 700 triệu đồng, doanh nghiệp D chỉ được hoàn tối đa 600 triệu đồng, phần 100 triệu đồng còn lại được chuyển sang kỳ sau để tiếp tục khấu trừ hoặc xác định số hoàn của kỳ tiếp theo. Cách xác định chi tiết do Bộ Tài chính quy định, kế toán cần đối chiếu khi lập phụ lục 01-8/GTGT.
Về hạch toán, từ năm tài chính bắt đầu 01/01/2026 doanh nghiệp áp dụng Thông tư 99/2025/TT-BTC thay Thông tư 200/2014/TT-BTC. Khi nhận được tiền hoàn thuế GTGT, kế toán ghi tăng tiền gửi ngân hàng và ghi giảm thuế GTGT được khấu trừ, theo hướng Nợ tài khoản 112, Có tài khoản 133 (cần tra cứu nguồn: hướng dẫn tài khoản 133 tại Phụ lục II Thông tư 99/2025/TT-BTC). Số thuế đề nghị hoàn nên được theo dõi chi tiết trên tài khoản 133 ngay từ khi lập hồ sơ để đối chiếu với quyết định hoàn.
Nghiệp vụ nộp thuế GTGT và các bút toán liên quan được Lạc Việt hướng dẫn thêm tại bài viết hạch toán nộp thuế GTGT theo TT99.
6. Chuẩn bị dữ liệu hoàn thuế trên phần mềm kế toán
Một hồ sơ hoàn thuế GTGT có thể chỉ gồm vài trang tờ khai và phụ lục, nhưng phía sau là hàng trăm, hàng nghìn hóa đơn đầu vào, chứng từ thanh toán, tờ khai hải quan, hợp đồng. Chất lượng dữ liệu kế toán quyết định trực tiếp tốc độ, kết quả hoàn thuế, đặc biệt khi hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn.
Phần mềm kế toán AccNet ERP của Lạc Việt kết hợp nghiệp vụ kế toán và hóa đơn điện tử trên cùng một hệ thống. Kế toán có thể phát hành hóa đơn điện tử ngay trên giao diện ERP, dữ liệu từ đơn hàng, hợp đồng được kế thừa trực tiếp để khởi tạo hóa đơn, hỗ trợ ký số phát hành hàng loạt. Khi hóa đơn được phát hành, hệ thống tự động hạch toán doanh thu công nợ, giúp sổ sách và dữ liệu hóa đơn thống nhất ngay từ đầu.
Hóa đơn điện tử được lưu trữ tập trung trong cơ sở dữ liệu ERP và hệ thống có khả năng tổng hợp số liệu đa chi nhánh. Với doanh nghiệp có nhiều nhà máy, chi nhánh, việc tập trung dữ liệu giúp kế toán truy xuất nhanh chứng từ khi cơ quan thuế yêu cầu giải trình. Bạn có thể tìm hiểu thêm tại trang phần mềm kế toán tích hợp hóa đơn điện tử AccNet ERP.
GIẢI PHÁP KẾ TOÁN ACCNET ERP TÍCH HỢP AI TỰ ĐỘNG HÓA MỌI NGHIỆP VỤ
AccNet ERP là giải pháp phần mềm kế toán tài chính tích hợp trong hệ thống quản trị doanh nghiệp toàn diện, được phát triển bởi Công ty Lạc Việt. Điểm khác biệt nổi bật của AccNet ERP chính là việc ứng dụng trí tuệ nhân tạo (AI) trong nhiều quy trình kế toán giúp doanh nghiệp:
- Tự động hóa hạch toán và phân loại chứng từ.
- Nâng cao tính chính xác trong kiểm soát số liệu.
- Rút ngắn thời gian xử lý nghiệp vụ kế toán – tài chính.
Nhờ đó, AccNet ERP không chỉ là công cụ hỗ trợ mà còn là “trợ lý thông minh” đồng hành cùng doanh nghiệp trong quản trị tài chính minh bạch hiệu quả.
Tính năng nổi bật:
✔️ Tự động hạch toán chứng từ, đối chiếu công nợ nhờ AI.
✔️ Quản lý tài chính – kế toán đa chi nhánh, đa công ty con.
✔️ Báo cáo tài chính hợp nhất theo chuẩn Việt Nam & quốc tế (VAS, IFRS).
✔️ Quản trị dòng tiền, ngân sách, dự báo chi phí chính xác.
✔️ Kết nối với các phân hệ quản trị nhân sự, sản xuất, bán hàng để đồng bộ dữ liệu.
✔️ Tích hợp AI trong phân tích số liệu, cảnh báo rủi ro và đề xuất phương án tối ưu.
KHÁCH HÀNG TIÊU BIỂU ĐANG TRIỂN KHAI ACCNET ERP
- Nitto Denko – Kiểm soát chi phí sản xuất nhờ ứng dụng kế toán tính giá thành: Nitto Denko đã lựa chọn giải pháp AccNet ERP để triển khai hệ thống kế toán tính giá thành, giúp doanh nghiệp kiểm soát chi phí hiệu quả hơn trong quá trình sản xuất. Sau một thời gian sử dụng, công ty đánh giá cao hiệu quả thực tiễn mà hệ thống mang lại, cũng như mức độ ổn định vượt trội so với các phần mềm khác trên thị trường.
- ANTESCO – Tái cấu trúc quy trình hoạt động với kế toán quản trị vận hành: Tại ANTESCO, đội ngũ tư vấn và triển khai của AccNetERP đã phối hợp chặt chẽ với doanh nghiệp trong giai đoạn đầu, thiết lập lại quy trình chuẩn và xây dựng luồng công việc liên phòng ban xuyên suốt. Giải pháp đã giúp ANTESCO cải thiện đáng kể khả năng quản trị vận hành một cách đồng bộ và linh hoạt
- Khatoco – Mở rộng gói giải pháp AccNetC sau triển khai thành công ban đầu: Lạc Việt đã triển khai thành công gói giải pháp AccNetC cho Công ty TNHH Thương mại Khatoco tại Nha Trang theo thoả thuận ký kết ngày 29/07/2014. Sau khi ba phân hệ đầu tiên được đưa vào vận hành hiệu quả, Khatoco dự định sẽ tiếp tục hợp tác và mở rộng thêm các phân hệ tài chính – kế toán và quản lý bán lẻ với AccNetC, thể hiện sự tin tưởng sâu sắc vào năng lực triển khai và chất lượng dịch vụ từ Lạc Việt.
ACCNET ERP LÀM ĐƯỢC GÌ MÀ CÁC PM KẾ TOÁN PHỔ BIẾN GIÁ RẺ KHÔNG LÀM ĐƯỢC?
Các phần mềm kế toán giá rẻ thường chỉ giải quyết ghi nhận kế toán + báo cáo cơ bản, trong khi một hệ thống AccNet ERP (on-premise, customizable) giải quyết quản trị tài chính toàn doanh nghiệp.
- Hợp nhất báo cáo tài chính đa công ty: Hợp nhất nhiều công ty con; Loại trừ giao dịch nội bộ; Tự động tạo báo cáo hợp nhất
- Tùy chỉnh quy trình kế toán theo doanh nghiệp, có thể custom workflow theo đặc thù doanh nghiệp
- Tính giá thành sản xuất phức tạp: Có thể tính giá thành theo nhiều công đoạn, nhiều phân xưởng, nhiều định mức.
- Quản trị ngân sách toàn doanh nghiệp: lập ngân sách theo phòng ban, kiểm soát ngân sách theo dự án, cảnh báo vượt ngân sách.
- Tích hợp hệ thống nội bộ doanh nghiệp: AccNet ERP có thể tích hợp HRM, CRM, DMS, MES, POS, Core banking, hệ thống nội bộ.
- Dữ liệu bảo mật: Triển khai On-premise trên server doanh nghiệp, dữ liệu được bảo mật do DN kiểm soát hoàn toàn.
- Khả năng xử lý dữ liệu lớn với hàng triệu chứng từ, quy trình kế toán phức tạp
- Báo cáo quản trị tài chính nâng cao: báo cáo dòng tiền, phân tích lợi nhuận, phân tích chi phí, dashboard tài chính.
ĐĂNG KÝ NHẬN DEMO NGAY
TÍCH HỢP AI TĂNG TỐC CHUYỂN ĐỔI SỐ KẾ TOÁN
AI trong AccNet ERP không chỉ dừng lại ở tự động hóa nhập liệu, mà còn:
- Nhận diện & phân loại chứng từ thông minh: AI quét, đọc và phân loại hóa đơn, phiếu chi, phiếu thu, hạn chế sai sót do nhập liệu thủ công.
- Dự báo tài chính & ngân sách: hệ thống sử dụng thuật toán học máy để dự báo chi phí, doanh thu, hỗ trợ doanh nghiệp ra quyết định nhanh.
- Cảnh báo rủi ro kế toán: AI phát hiện bất thường trong sổ sách, từ đó cảnh báo kịp thời các sai lệch hoặc rủi ro gian lận.
- Trợ lý báo cáo thông minh: AI gợi ý mẫu báo cáo, tự động tổng hợp số liệu, hỗ trợ ban lãnh đạo phân tích tài chính tức thì.
DOANH NGHIỆP ĐƯỢC GÌ KHI TRIỂN KHAI PHẦN MỀM KẾ TOÁN LẠC VIỆT?
- Kinh nghiệm hơn 30 năm phát triển giải pháp phần mềm quản trị doanh nghiệp tại Việt Nam.
- Hệ sinh thái số toàn diện: AccNet ERP dễ dàng kết nối với các giải pháp khác của Lạc Việt (HRM, Workflow, Portal…).
- Công nghệ tiên tiến: Tích hợp AI, hỗ trợ cloud & on-premise linh hoạt.
- Dịch vụ hỗ trợ tận tâm: Đội ngũ chuyên gia am hiểu nghiệp vụ kế toán – tài chính Việt Nam, đồng hành xuyên suốt trong triển khai.
- Niềm tin từ hàng nghìn khách hàng trong nhiều lĩnh vực: tài chính, ngân hàng, sản xuất, thương mại, dịch vụ.
Xem chi tiết tính năng & nhận Demo MIỄN PHÍ
THÔNG TIN LIÊN HỆ
- Hotline/Zalo: 0901 555 063
- Email: accnet@lacviet.com.vn | Website: lacviet.vn | accnet.vn
- Địa chỉ văn phòng: 23 Nguyễn Thị Huỳnh, Phường Phú Nhuận, TP.HCM
Bên cạnh công cụ, doanh nghiệp có nhu cầu hoàn thuế thường xuyên nên thiết lập quy trình đối chiếu định kỳ hằng tháng: đối chiếu hóa đơn đầu vào với chứng từ thanh toán, đối chiếu doanh thu xuất khẩu với tờ khai hải quan, và theo dõi số thuế chưa khấu trừ hết theo từng nhóm hoạt động. Khi các đối chiếu này được làm đều đặn, việc lập hồ sơ hoàn thuế cuối kỳ chỉ còn là tổng hợp số liệu sẵn có.
7. Một số câu hỏi thường gặp
Hoàn thuế GTGT theo Thông tư 80 còn áp dụng không?
Không. Thông tư 80/2021/TT-BTC đã được thay thế bởi Thông tư 89/2026/TT-BTC có hiệu lực từ 01/07/2026. Hồ sơ hoàn thuế GTGT nộp từ thời điểm này thực hiện theo Điều 46 và các mẫu biểu ban hành kèm Thông tư 89/2026/TT-BTC.
Các trường hợp không được hoàn thuế GTGT là gì?
Các trường hợp thường gặp gồm hàng nhập khẩu sau đó xuất khẩu sang nước khác, dự án đầu tư không góp đủ vốn điều lệ hoặc chưa đủ điều kiện kinh doanh ngành nghề có điều kiện, dự án khai thác tài nguyên, khoáng sản, và số thuế đầu vào không đáp ứng điều kiện khấu trừ.
Hàng nhập khẩu có được hoàn thuế GTGT không?
Thuế GTGT nộp ở khâu nhập khẩu được khấu trừ như thuế đầu vào thông thường nếu đáp ứng điều kiện. Một số trường hợp hoàn thuế liên quan đến hàng nhập khẩu được Lạc Việt phân tích riêng trong bài viết về hoàn thuế GTGT hàng nhập khẩu đã dẫn ở phần 2.
Hoàn thuế GTGT mất bao lâu?
Theo tổng hợp của Thư viện Pháp luật, hồ sơ hoàn thuế trước được giải quyết chậm nhất trong 06 ngày làm việc và hồ sơ kiểm tra trước hoàn thuế chậm nhất trong 10 ngày làm việc. Doanh nghiệp nên đối chiếu Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15 để xác định mốc tính thời hạn cho hồ sơ của mình.
Doanh nghiệp mới thành lập có được hoàn thuế GTGT không?
Doanh nghiệp mới thành lập vẫn có thể được hoàn thuế nếu thuộc một trong các trường hợp tại Điều 15 Luật Thuế GTGT, ví dụ có dự án đầu tư đang trong giai đoạn đầu tư hoặc có hoạt động xuất khẩu, đáp ứng điều kiện tại khoản 9 Điều 15.
Hoàn thuế GTGT năm 2026 đã có nhiều thay đổi tích cực: Luật 149/2025/QH15 bỏ điều kiện người bán đã kê khai, nộp thuế, hồ sơ theo Thông tư 89/2026/TT-BTC được tinh gọn với tờ khai có chỉ tiêu đề nghị hoàn và phụ lục 01-8/GTGT, cùng trường hợp mới cho cơ sở sản xuất hàng thuế suất 5%. Để được hoàn nhanh và tránh bị thu hồi, doanh nghiệp cần xác định đúng trường hợp, đáp ứng đủ điều kiện, quản lý chứng từ chặt chẽ ngay từ đầu.
